Introducción: Blastocistosis, entidad causada por Blastocystis spp., se ha incrementado rápidamente durante los últimos años. El hallazgo de evidencias clínicas, fenotípicas y genotípicas ha hecho creciente la certeza acerca de la patogenicidad de este parásito, lo que ha conducido a que se preste más atención a su detección. Objetivo: aportar nuevas evidencias clínicas-epidemiológicas y de laboratorio sobre blastocistosis en niños. Material-métodos: estudio observacional realizado entre Noviembre del 2012 – Abril 2013. Incluyeron 421 niños no hospitalizados que acudieron a diferentes consultas. A cada muestra de heces se les realizó métodos de frotis directo simple, técnica de Willis y Malloy modificada y Técnica de Sedimentación Espontanea en Tubo; en las diarreicas se realizó Coprocultivo y Test de rotavirus. Se clasificaron los niños finalmente con o sin blastocistosis a partir de los resultados de laboratorio y los datos aportados por una encuesta clínica-epidemiológica. Resultados: Blastocystis spp. alcanzó una prevalencia de 24.7%. En el 61.5% de individuos infectados no se halló coinfección con otros microorganismos. La presencia de menos de diez parásitos en diez campos se asoció con casos sintomáticos y con más de diez células con asintomáticos. Hubo significación estadística entre dolor abdominal, contacto con animales (principalmente con perros) y blastocistosis. Conclusiones: La mayoría de los niños estudiados estaban infectados solamente con Blastocystis spp y la presencia de más o igual a 10 células se comportó inversamente proporcional con el hallazgo de síntomas o no. El dolor abdominal y el contacto con animales fueron significativos en los casos con blastocistosis.